1903年，女医院重建竣工。1904年制定重建男医院计划，因爆发日俄战争而未能实现。遂将女医院临时改为病人门诊，借用临近未被烧毁的“三义庙”作为病房。1907年，建成男医院，有病床60张，有合乎要求的手术室、调剂室和附属设备。同年3月5日，“奉天小河沿盛京施医院”开院。辛亥革命后，1912年，宣告奉天医科大学全部建成，成为东北三省一所医科大学，也是全东北地区医学教育的较高学府。同年3月28日，学员正式入学。1916年，女医院增设“产院”，新建两层楼的产科病房。后又于1930年再另建四层的产科楼1座，设病床30张。1917年8月，奉天医科大学呈请北京政府教育部立案，根据当时规定“单科不能称大学”，遂更名为奉天医科专门学校。1925年，遵照司督阁“应将学校和医院的管理逐渐转交给中国人”的嘱托，学校改组了校董事会，其中中国人超过半数，由高文翰任校长，荣威廉任院长，张守义任副院长。教师队伍已达到32人，其中中国教师为17人。1929年，中华民国将省名改为辽宁，意为“辽河两岸永远安宁”。奉天医科专门学校于当年更名为辽宁医科专门学校。1931年“九一八事变”发生，日本侵略中国，东北三省沦陷，伪政权对于英国人创办的医学院校，在初期采取所谓的不干预态度，学校一切只能依靠英国资助，招生和授课得以继续维持。校名改为“盛京医科专门学校”，学制仍为7年。